関東では、向かって左側が男雛で右側が女雛。京都や関西の一部では、向かって右側が男雛で左側が女雛。

日本には古くから「左方上位（左側の方が位が高い）」という考え方がありました。ですから左大臣と右大臣では、左大臣の方が格上になります。神社で手水を使うときに左手から清めるのも同じ理由です。雛人形は平安貴族の姿をしていますが、平安時代の帝は、妃の左側（向かって右）へ座っていました。京都と関西の一部では、そのしきたりに従って、内裏雛を並べているのです。
一方現在の皇室では、天皇は必ず皇后の右側（向かって左側）に立たれます。座られる場合も右側です。この位置の取り方は、西洋式のルールにのっとっています。明治時代の終わり頃から日本でも西洋に準じて、このルールが取り入れられました。
つまり関西（京都）は昔のルール、関東は今のルールに従っている訳ですから、どちらが正しくてどちらが間違いとは言えません。時代や地域などによって異なりますし、「必ずこうしなければならない」という特別な決まりはありません。標準的な飾り方を大きく逸脱しなければ、古式でも現代式でもそのお家ごとに自由に飾ってよいとされています。